Vers le milieu des années 1980, une série d’affrontements entre la police et des jeunes appartenant à des groupes de minorité visible ont soulevé des inquiétudes concernant la façon dont les tirs de balle par la police étaient traités. Les services de police enquêtaient eux-mêmes sur les incidents les concernant ou, dans certains cas, l’enquête était confiée à un autre service de police. Le public avait le sentiment que ce genre d’enquêtes à l’interne ne garantissait pas l’objectivité nécessaire.

En 1988, deux fusillades mortelles, celle de Lester Donaldson, le 9 août, à Toronto, et celle de Michael Wade Lawson, le 8 décembre, dans la région de Peel, ont été le catalyseur des revendications de la communauté noire de l’Ontario. En réponse à ces revendications, en décembre 1988, le solliciteur général de l’Ontario a nommé M. Clare Lewis à la présidence du « Groupe d'étude sur les relations entre la police et les minorités raciales ».

Le juge John Osler devient le premier directeur de l’UES et, jusqu’en juin 1992, travaille avec diligence à mettre sur pied l’organisation encore balbutiante.

En consultation avec le ministère du Solliciteur général et l’Association des chefs de police de l’Ontario (OACP), et avec leur accord, la définition de « blessure grave » est établie.

Le 4 mai 1992, le Black Action Defence Committee (comité de défense de la communauté noire) organise une manifestation pour protester contre le meurtre de Raymond Lawrence. Cette manifestation, appelée par les médias « les émeutes de la rue Yonge », avait commencé par une marche pacifique d’un millier de personnes depuis le consulat des États-Unis et s’était conclue par 30 arrestations, 200 fenêtres ou vitrines brisées sur la rue Yonge et à l’hôtel de ville et des centaines de milliers de dollars en dégâts matériels. Des centaines de personnes, notamment de jeunes noirs, ont vandalisé cette section de la rue Yonge et se sont affrontées à la police dans les rues. Images des émeutes de la rue Yonge

Le juge William R. Wolski est nommé directeur intérimaire pour une période de deux mois.

En juin 1992 (à la suite des émeutes de la rue Yonge), Stephen Lewis, nommé conseiller en relations interraciales de Bob Rae, premier ministre de l’époque, présente son rapport intitulé « Rapport de Stephen Lewis sur les relations interraciales en Ontario ».  Ce rapport recommande des réformes dans le domaine du maintien de l’ordre, dont certaines touchent directement l’UES. La crédibilité de l’UES étant remise en compte, M. Lewis recommande que l’Unité relève du procureur général, qui est responsable du système judiciaire provincial, plutôt que du solliciteur général, qui est aussi responsable des services policiers. Le rapport Lewis recommande aussi d’augmenter le budget de l’UES.

Howard Morton est nommé directeur de l’UES, poste qu’il occupera jusqu’en mars 1995.

L’UES passe du ministère du Solliciteur général au  ministère du Procureur général.

Dana Venner est nommée directrice intérimaire pour une période de 7 mois

Graham Reynolds est nommé directeur intérimaire pour une période de huit mois.

James Stewart est nommé directeur intérimaire pour une période de trois mois

André Marin est nommé directeur, poste qu’il occupera jusqu’au 7 juin 1998.

Roderick McLeod est chargé de procéder à un autre examen de la surveillance de la police et du régime de traitement des plaintes du public contre la police. Dans son rapport, intitulé « A report and recommendations on amendments to the Police Services Act respecting civilian oversight of police », M. McLeod préconise l’adoption de dispositions réglementaires pour contraindre la police à coopérer avec l’UES. Néanmoins, aucune modification touchant l’UES n’est apportée à ce moment-là.

Le procureur général et le solliciteur général demandent à George Adams, ancien juge de la Cour supérieure, de mener des consultations auprès des organisations communautaires et policières afin de déterminer comment améliorer les rapports entre l’UES et la police. Son examen porte notamment les problèmes suivants : notification en temps opportun des incidents à l’UES par la police, protection des lieux de l’incident en attendant l’arrivée des enquêteurs de l’UES et coopération en temps opportun des policiers impliqués dans les incidents

Le 14 mai 1998, le « Rapport Adams I» est publié. Dans ce rapport, M. Adams formule 25 recommandations, dont les plus importantes sont de doter l’UES des ressources nécessaires pour s’acquitter de son important mandat et d’établir un cadre réglementaire détaillé pour les enquêtes de l’UES.

Leslie Chapin est nommée directrice intérimaire pour une période de six mois.

En janvier 1999, à la suite du rapport Adams I, le gouvernement de l’Ontario adopte le Règl. de l’Ont. 673/98, « Conduite et obligations des agents de police en ce qui concerne les enquêtes de l'Unité des enquêtes spéciales ». Ce règlement met en œuvre plusieurs des recommandations de M. Adams et prescrit la conduite et les obligations des agents de police concernés par les enquêtes de l’UES. Aux termes de ce règlement, un agent de police qui ne respecte pas une disposition du règlement est coupable d’inconduite en vertu de la Loi sur les services policiers. Parallèlement à ce règlement, le budget de l’Unité est augmenté de 5,3 millions de dollars. Ceci marque un nouveau départ pour l’UES.

Peter Tinsley est nommé directeur, poste qu’il occupera jusqu’en avril 2003.

L’Unité déménage de ses bureaux situés sur la rue Front, au centre-ville de Toronto, dans de nouveaux locaux de 18 000 pieds carrés, à Mississauga. Avec un accès plus facile aux grands axes routiers et à l’aéroport Pearson International, ce nouvel emplacement permet à l’Unité de mobiliser plus facilement ses enquêteurs et d’intervenir plus rapidement lorsqu’elle est avisée d’un incident. Parallèlement à ce déménagement, la structure de l’Unité est modifiée par l’ajout de nouveaux postes pour l’administration et les enquêtes. 

L’unité dépense environ un demi-million de dollars pour réorganiser sa Section d’identification médicolégale. Cette réorganisation inclut l’embauche d’une équipe hautement qualifiée de superviseurs des services d’identification médicolégale, d’enquêteurs spécialisés en sciences judiciaires et de spécialistes de la reconstitution des collisions. De plus, un nouveau laboratoire de sciences judiciaires est conçu et équipé d’installations ultramodernes : équipement vidéo et photographique numérique, multiples salles d’examen des cas, étuves, chambre de fumigation pour révélation d’empreintes, étuve chimique et tachéomètres. De plus, l’équipe des services d’identification médicolégale est équipée de quatre véhicules pour les cas complexes. Ces véhicules sont stationnés stratégiquement à différents endroits de la province.

Par ailleurs, l’UES dispose maintenant d’une section d’identification médicolégale dont la capacité est à la hauteur de celle de tous les services de police de l’Ontario, sauf le plus grand de ces services. Même si l’UES continue d’utiliser les services spécialisés d’autres organismes, comme le Centre des sciences judiciaires et le Bureau du coroner, sa section interne de sciences judiciaires contribue à l’indépendance et à l’intégrité de ses enquêtes.

Le Comité-ressource du directeur (CRD) est établi afin de favoriser l’établissement de liens de communications et de fournir un forum d’échanges réguliers entre l’UES et la collectivité. Ce comité se réunit deux fois par an et examine des questions touchant les opérations de l’UES en général ainsi que des questions particulières. En 2010, à la suite de la création du Bureau du directeur indépendant de l'examen de la police (BDIEP) le 19 octobre 2009, les directeurs de chacun de ces deux organismes décident de tenir ces réunions conjointement. Le CRD est composé de dirigeants de diverses communautés ethniques et groupes d’intérêt.

En août 2002, le procureur général charge, une nouvelle fois, M. Adams de procéder à une étude consultative afin d’évaluer la mise en œuvre des réformes de l’Unité des enquêtes spéciales qu’il avait préconisées en 1999.

Le deuxième rapport de M. Adams, « Rapport d'étude sur les réformes de l'Unité des enquêtes spéciales rédigé à l'intention du procureur général de l'Ontario» est publié en février 2003.Ce rapport conclut que grâce à l’augmentation du financement public et aux modifications réglementaires, la confiance de la police – tout comme celle de la collectivité – envers l’UES s’est améliorée et l’UES dispose désormais d’un cadre efficace pour ses enquêtes.

John Sutherland est d’abord nommé directeur intérimaire. Il est ensuite nommé directeur en décembre 2003, poste qu’il occupe jusqu’au mois d’avril 2004.

James Cornish est d’abord nommé directeur intérimaire de l’UES. Par la suite, en décembre 2004, il est nommé directeur, poste qu’il occupe jusqu’au mois d’octobre 2008.

L’UES crée le poste de coordonnateur des services aux personnes concernées (CSPC) afin de répondre concrètement aux besoins sociaux des personnes touchées par ses enquêtes.

L’Unité formalise l’énoncé de sa vision, de sa mission et de ses valeurs dans le cadre du processus de « tableau de bord prospectif ».

Le parc de véhicules des services d’identification médicolégale est amélioré par l’ajout de quatre nouvelles fourgonnettes Dodge Sprinter. En plus d’être entièrement équipées de matériel d’identification médicolégale, ces fourgonnettes sont plus spacieuses, consomment moins de carburant et ont une charge utile plus élevée. Ces véhicules sont répartis stratégiquement dans la province : Kingston, Orillia, Kitchener et Mississauga (bureau central de l’UES).  

L’ombudsman de l’Ontario, André Marin, publie le document « Une surveillance imperceptible : Enquête sur l'efficacité et la crédibilité des opérations de l'Unité des enquêtes spéciales », qui fait rapport de son enquête systémique sur les activités de l’UES.

Ian Scott est nommé directeur de l’UES

L’Unité crée deux postes d’enquêteur débutant afin de renforcer les rangs de ses enquêteurs. Ces postes sont occupés par deux enquêteurs civils qui n’ont aucun antécédent professionnel dans les services policiers. De plus, l’UES crée deux nouveaux postes d’enquêteur principal afin de faire face à l’augmentation de sa charge de travail.

L’UES a embauché sa première coordonnatrice des services de liaison afin de répondre au besoin d’établir des contacts avec les nombreuses et diverses communautés de l’Ontario. La coordonnatrice des services de liaison travaille avec les organisations communautaires et les groupes d’intérêts afin de mieux faire connaître l’Unité, son mandat et ses méthodes d’enquête. Ses fonctions visent aussi à cerner les sujets de préoccupation et à agir de façon proactive de façon à régler les problèmes et à renforcer les relations avec les communautés.

L’UES fait l’acquisition de l’unité de commande mobile (UCM). L’UCM permet aux enquêteurs de disposer d’un endroit sur les lieux d’un incident où ils peuvent se réunir et établir une stratégie, mener les entrevues avec les témoins et maintenir une présence visible indépendante de la police. Cette unité de 31 x 9 pieds est entièrement équipée la technologie audiovisuelle nécessaire pour recueillir et enregistrer les témoignages.  

Le 14 décembre 2011, l'ombudsman de l'Ontario, M. André Marin, a publié un rapport de suivi intitulé « Le sabordage de la surveillance ».  En ce qui concerne les progrès réalisés par l’UES, M. Marin a dit : « D’après mon examen, je suis convaincu que l’UES a beaucoup fait pour réorienter ses operations… »  Le rapport se focalise sur la mise en œuvre, par le ministère du Procureur général, des recommandations contenues dans le rapport de l'ombudsman de 2008.  M. Marin a réitéré quelques-unes de recommandations destinées au ministère et au gouvernement de l'Ontario. Une grande partie d'entre elles soulignent le besoin d'apporter des réformes legislatives.